2020年06月11日

COVID-19 地図やGISでできること。その2

前回の続きのお話。以下の記事の2番目の項目についてのメモです。

5 ways maps can help communities respond to COVID-19
https://statescoop.com/5-ways-maps-can-help-communities-respond-to-covid-19/

2.症例の広がりを地図にする

地図に時間の情報を持たせておいて、アニメーションで見せたり、スライダーバーを動かすと任意の時点の症例数などの地図が表示できるというような地図がこれにあたるのだと思う。

例えば、日経電子版のページ内にある「新型コロナウイルス感染 世界マップ」では、日付を選ぶとその日の感染者数などの世界地図が表示される。

新型コロナウイルス感染 世界マップ
https://vdata.nikkei.com/newsgraphics/coronavirus-world-map/

日経ビジュアルデータサイトのキャプチャ

日経電子版 日経ビジュアルデータ チャートで見る世界の感染状況 新型コロナウイルス よりキャプチャ
図をクリックすると拡大します

日付を動かすと時期によって円の大きさが変化する国とさほど変化しない国があることがわかる。感染者数でいえば2月ごろは中国でだんだんと円が大きくなっていくのだが、2月下旬から3月ぐらいになるとヨーロッパ、アフリカなどでも円が出現し大きくなっていく。4月に入るとヨーロッパ、アメリカやロシアなどで円が大きくなり感染者数が増えていったことがわかる。最近ではブラジルの円がかなり大きくなっているようだ。

(これが死者数だとまた異なる傾向で円の大きさが変化する)

このサイトは操作がシンプルでわかりやすい、配色が直観的だけどどぎつくない、ネットがプアーな環境でもさくっと地図を読み込んでくれるというのが嬉しいところだ。(地図の題材はコロナで歓迎するものではないけど、)それを表現するやり方が素敵だなぁと思う。

次に紹介するのは、NEXTSTRAINというサイトの地図だ。コロナウイルスのゲノム解析をして、その変異の状態から地点Aで見つかったコロナと地点Bで見つかったコロナは似た系統のコロナだとか、地点Aと地点Cのコロナは系統が違うというようなことがわかるらしい。それでコロナの拡散状況がわかるらしい。(らしいばっかりですいません。私はゲノムの知識ゼロです。間違っていたらごめんなさい。)

Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling
https://nextstrain.org/ncov/global?c=country

Capture from NEXTSTRAIN site

NEXTRAINのサイトからのキャプチャ
図をクリックすると拡大します


このサイトはコロナウイルスの系統樹(というのだろうか?)が表示される。一つ一つの点をクリックすると、サンプルの国名、取得年月日、Divergence(分岐度?変異度?)などが表示される。

ここで、ページを下の方にスクロールすると、今度は地図があってサンプルが取得された国ごとに、サンプルの情報がプロットされている。デフォルトでは色合いは国ごとで大体アジアは濃い紫色、ヨーロッパは黄緑とか緑系、北米が赤系で示されている。
#円の大きさは感染者数ではなく、サンプル数であることに注意
Capture from NEXTSTRAIN site

NEXTSTRAINのサイトからのキャプチャ 地図部分
図をクリックすると拡大します

ここで、画面の左側のパネルにある「Color By」から「Clade」(系統群)を選ぶと、地図上にその国から送られてきたサンプルの系統の割合が表示される。
Capture from NEXTSTRAIN site

NEXTSTRAINのサイトからのキャプチャ Cladeの地図
図をクリックすると拡大します

日本の場合だと、19Aと19B、20Aと20Bの系統のゲノムが報告されているようだ。ここで地図の左上にある「PLAY」をクリックすると、左側パネルの「Date Range」で指定された期間の範囲で、(2週間内の)ゲノム系統群の割合の変化を確認できる。これを見ていると日本では最初は、19Aと19Bが多いが、2月下旬に入ると20Bが報告されるようになる。同じころ他の地域(例えば台湾やシンガポール、ヨーロッパ)では20Cも報告されている。その後、日本では20Aも見られるようになって、4月の下旬には20Bだけが報告されている。

4月ぐらいだと、アメリカでは20A,B,Cが優勢で、特に20Cはパッと目で7割ぐらいを占めている。
Capture from NEXTSTRAIN site

NEXTSTRAINのサイトからのキャプチャ Cladeの地図 4月16日〜30日
図をクリックすると拡大します

同じコロナと言っても注目する時期や地域によって違うものを見ているのかもしれない、ということが素人でもわかったような気がする。
#この系統の違いが、どのくらい症状に影響しているのか知らないのだが。

この地図では確認されているすべての人の新型コロナウイルスのゲノム解析結果を表しているわけではないことに注意は必要だと思う。それであっても時間と位置(国)にさらにウイルスに関する情報が足されると、新型コロナウイルスに対してまた違った見方ができるのかもしれないと思うのだ。
【日記の最新記事】
posted by たかはし at 12:03| Comment(0) | 日記
この記事へのコメント
コメントを書く
お名前:

メールアドレス:

ホームページアドレス:

コメント: